Los linajes se definen como entidades/organismos que comparten un ancestro común y muestran mutaciones similares.

Así, surgen nuevos linajes de diversos organismos a partir de mutaciones, que en su mayoría son perjudiciales para estas entidades. En el caso de los virus, la mayoría de las mutaciones no provocan cambios en la capacidad de dispersión, la infección o la gravedad de la enfermedad. Sin embargo, una minoría de estos cambios puede hacer que el virus se vuelva más transmisible o más mortal.

Los virus como el SARS-CoV-2 cambian más rápidamente que otros microorganismos como las bacterias y los hongos, y se clasifican en linajes distintos por pequeñas diferencias en su material genético, que pueden o no estar asociadas a nuevas características virales. Para entender y estudiar mejor los virus, los científicos han creado un sistema de nomenclatura para los diferentes linajes del SARS-CoV-2, que permite comparar los resultados obtenidos en cualquier región del planeta y detectar qué linajes son más prevalentes y circulan en una zona o en un momento determinado. Hasta ahora se han identificado un conjunto de mutaciones en algunos linajes del coronavirus (SARS-CoV-2) que les permiten ser más transmisibles entre personas, pero no se ha encontrado nada hasta ahora sobre las mutaciones que llevarían a un cuadro más complicado de la enfermedad o incluso a una mayor mortalidad. Dado que los linajes surgen continuamente a medida que el coronavirus infecta a más personas, es evidente la necesidad de controlar la evolución del genoma viral y la prevalencia de los distintos linajes a lo largo del tiempo.

La Organización Mundial de la Salud (OMS) ha definido un sistema de clasificación de estas variantes en función del riesgo que ofrece cada clase para la salud pública, dividiendo en tres categorías algunas de las variantes más extendidas o que contienen mutaciones asociadas a un mayor riesgo de transmisión o de escape del sistema inmunitario (anticuerpos de personas previamente infectadas o vacunadas). Estas categorías son: Variantes preocupantes (VOC), Variantes de interés (VOI) y Variantes bajo vigilancia (VUM).

Según la página de la OMS dedicada a la cuestión de las variantes, los criterios para clasificar las VOC son: cumplir los criterios para la clasificación como VOI, además de estar asociadas de forma demostrable a: un mayor riesgo de relevancia mundial en su transmisibilidad, virulencia y manifestaciones clínicas; o una disminución de la eficacia de las medidas de salud pública.

Mapa ilustrativo da circulação e dominância local de linhagens de um patógeno. O mapa representa a América do sul na cor branca, sobre os oceanos Atlântico e Pacífico representados em cinza. Sobre o continente, temos vários círculos de cores distintas, cada cor representando uma linhagem diferente de um patógeno não especificado na imagem, já que este é um esquema genérico que não corresponde ao cenário atual da pandemia de SARS-CoV-2. Além dos círculos, temos linhas que representam o espalhamento destes patógenos para outras regiões geográficas, onde encontram-se novos círculos na cor correspondente. O diâmetro de cada círculo corresponde à prevalência daquele patógeno naquela localidade.

Tabela representando as Variantes do coronavírus SARS-CoV-2 classificadas pela Organização Mundial da Saúde como Variantes de Preocupação ou VOC. As linhagens denominadas Alfa, Beta, Gama e Delta estão todas marcadas com um asterisco, indicando que são atualmente consideradas de baixa circulação pela OMS. A linhagem Ômicron é a única VOC com circulação global expressiva. Além da nomenclatura da OMS, as linhagens são apresentadas junto a outras informações. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Alfa tem: Linhagem Pango B.1.1.7; Clado do GISAID: GRY; Clado do Nextstrain: 20I, entre parênteses (V1); Amostras mais antigas documentadas: Reino Unido, Setembro de 2020; Data de classificação: Como VOC: 18 de dezembro de 2020 e Não mais circulante: 09 de Março de 2022. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Beta tem: Linhagem Pango B.1.351; Clado do GISAID: GH/501YV2; Clado do Nextstrain: 20H, entre parênteses (V2); Amostras mais antigas documentadas: África do Sul, Maio de 2020; Data de classificação: Como VOC: 18 de dezembro de 2020 e Não mais circulante: 09 de Março de 2022. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Gama tem: Linhagem Pango P.1; Clado do GISAID: GR/501YV3; Clado do Nextstrain: 20J, entre parênteses (V3); Amostras mais antigas documentadas: Brasil, Novembro de 2020; Data de classificação: Como VOC: 11 de Janeiro de 2021 e Não mais circulante: 09 de Março de 2022. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Delta tem: Linhagem Pango B.1.617.2; Clado do GISAID: G/478K.V1; Clado do Nextstrain: 21A, 21I e 21J; Alterações adicionais de aminoácidos em monitoramento: +S:K417N e +S:K484K; Amostras mais antigas documentadas: Índia, Outubro de 2020; Data de classificação: Como Variante de Interesse ou VOI: 04 de Abril de 2021 e como VOC: 11 de Maio de 2021. Por fim, a Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Ômicron tem: Linhagem Pango B.1.1.529; Clado do GISAID: GR/484A; Clado do Nextstrain: 21K, 21L, 21M, 22A, 22B, 22C e 22D; Alterações adicionais de aminoácidos em monitoramento: +S:R346K, +S:L452R/Q e +S:F486V; Amostras mais antigas documentadas: Múltiplos países, Novembro de 2021; Data de classificação: Como Variante sob Monitoramento ou VUM: 24 de Novembro de 2021 e como VOC: 26 de Novembro de 2021.

Lista de muestras clasificadas como VOC por la Organización Mundial de la Salud

En cuanto a la clasificación de las VOI, los criterios son: la presencia de alteraciones genéticas con efectos conocidos o posibles sobre las características virales como la transmisibilidad, la virulencia, el escape a los mecanismos inmunológicos, la detectabilidad en las pruebas de diagnóstico o el escape terapéutico; y la asociación con una transmisión comunitaria significativa o con el desarrollo de múltiples clústeres de contagio en varios países, con un aumento de la prevalencia relativa y del número de casos y otros impactos epidemiológicos que indiquen un posible riesgo emergente para la salud pública.

 

Tabela representando as Variantes do coronavírus SARS-CoV-2 classificadas pela Organização Mundial da Saúde como Variantes de Interesse ou VOI. Todas as linhagens VOI são atualmente consideradas de baixa circulação pela OMS. Além da nomenclatura da OMS, as variantes estão acompanhadas de outras informações. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Épsilon tem: Linhagem Pango B.1.427 e B.1.429; Clado do GISAID: GH/452R.V1; Clado do Nextstrain: 20C; Amostras mais antigas documentadas: Estados Unidos, Março de 2020; Data de classificação: 05 de Março de 2021. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Zeta tem: Linhagem Pango: P.2; Clado do GISAID: GR/484K.V2; Clado do Nextstrain: 20B/S.484K; Amostras mais antigas documentadas: Brasil, Abril de 2020; Data de classificação: 17 de Março de 2021. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Eta tem: Linhagem Pango: B.1.525; Clado do GISAID: G/484K.V3; Clado do Nextstrain: 21D; Amostras mais antigas documentadas: Múltiplos Países, Dezembro de 2020; Data de classificação: 17 de Março de 2021. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Teta tem: Linhagem Pango: P.3; Clado do GISAID: GR/1092K.V1; Clado do Nextstrain: 21E; Amostras mais antigas documentadas: Filipinas, Janeiro de 2021; Data de classificação: 24 de Março de 2021. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Iota tem: Linhagem Pango: B.1.526; Clado do GISAID: GH/253G.V1; Clado do Nextstrain: 21F; Amostras mais antigas documentadas: Estados Unidos, Novembro de 2020; Data de classificação: 24 de Março de 2021. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Capa tem: Linhagem Pango: B.1.617.1; Clado do GISAID: G/452R.V3; Clado do Nextstrain: 21B; Amostras mais antigas documentadas: Índia, Outubro de 2020; Data de classificação: 04 de Abril de 2021. Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Lâmbda tem: Linhagem Pango: C.37; Clado do GISAID: GR/452Q.V1; Clado do Nextstrain: 21G; Amostras mais antigas documentadas: Peru, Dezembro de 2020; Data de classificação: 14 de Junho de 2021. Por fim, a Linhagem de Nomenclatura na OMS determinada como Mu tem: Linhagem Pango: B.1.621; Clado do GISAID: GH; Clado do Nextstrain: 21H; Amostras mais antigas documentadas: Colômbia, Janeiro de 2021; Data de classificação: 30 de Agosto de 2021.

Lista de muestras clasificadas como VOI por la Organización Mundial de la Salud

A su vez, la organización clasifica las cepas como VUM cuando se sospecha que algunas de sus alteraciones genéticas tienen efectos sobre las características virales con potencial riesgo futuro para la salud pública, pero sin pruebas concluyentes sobre el mayor riesgo asociado a estas mutaciones.

Tabela representando as Variantes do coronavírus SARS-CoV-2 classificadas pela Organização Mundial da Saúde como Linhagens de Variantes de Preocupação Sob Monitoramento ou VOC-LUM. Sob a tabela, temos o informe de que Essas subvariantes (anteriormente denominadas VOC-LUM) são monitoradas como parte da Ômicron, até que haja evidência o bastante de que as características virais são substancialmente diferentes daquelas conhecidas e associadas à VOC à qual elas pertencem. Caso surja esta evidência, a OMS decidirá, após consulta ao TAG-VE (Terms of Reference for the Technical Advisory Group on SARS-CoV-2 Virus Evolution) se haverá a designação de uma classificação OMS distinta para a variante emergente. Por serem todas linhagens da Ômicron, as linhagens desta tabela são identificadas por sua classificação no sistema Pango. A linhagem Pango BA.5 (+R346X ou +K444X ou +V445X ou +N450D ou +N460X) tem Clado do GISAID: GRA; Clado do Nextstrain: 22B, 22E; Relação com linhagens VOC circulantes: Sublinhagens da BA.5 (BF.7, BF.14, BQ.1, BQ.1.1); Características genéticas da Spike: Constelação da BA.5 + S:R346X, S:K444X, S:V445X , S:N450D ou S:N460X; Amostras mais antigas documentadas: 02 de Julho de 2022. Além disto, a BA.5 está marcada com dois asteriscos, com a legenda abaixo da tabela explicando: “Mutações adicionais fora da proteína Spike: N:G30-, N:S33F, N:E136D, ORF1a:Q556K, ORF1a:L3829F, ORF1b:Y264H, ORF1b:M1156I, ORF9b:P10F, ORF9b:D16G, ORF9b:M26-, ORF9b:A29I, ORF9b:V30L”; A linhagem Pango BA.2.75 tem Clado do GISAID: GRA; Clado do Nextstrain: 22D; Relação com linhagens VOC circulantes: Sublinhagem da BA.2; Características genéticas da Spike: Constelação da BA.2 mais, para a BA.2.75 S:K147E, S:W152R, S:F157L, S:I210V, S:G257S, S:D339H, S:G446S, S:N460K, Reversão S:Q493 e para a BA.2.75.2: Constelação da BA.2.75 mais S:R346T, S:F486S, S:D1199N; Amostras mais antigas documentadas: 31 de Dezembro de 2021. Além disto, a BA.2.75 está marcada com três asteriscos, com a legenda abaixo da tabela explicando: “Mutações adicionais fora da proteína Spike: ORF1a:S1221L, ORF1a:P1640S, ORF1a:N4060S; ORF1b:G662S; E:T11A”; A linhagem Pango BA.4.6 tem Clado do GISAID: GRA; Clado do Nextstrain: 22A; Relação com linhagens VOC circulantes: Sublinhagem BA.4; Características genéticas da Spike: Constelação da BA.4 mais S:R346T, S:N658S; Amostras mais antigas documentadas: 20 de Julho de 2020. A linhagem Pango XBB tem Relação com linhagens VOC circulantes: Recombinante entre as sublinhagens BA.2.10.1 e BA.2.75, ou seja, BJ1 e BM.1.1.1. Ponto de quebra em S1; Características genéticas da Spike: Constelação da BA.2 mais S:V83A, S:Y144-, S:H146Q, S:Q183E, S:V213E, S:G252V, S:G339H, S:R346T, S:L368I, S:V445P, S:G446S, S:N460K, S:F486S, S:F490S; Amostras mais antigas documentadas: 13 de Agosto de 2022. Além disto, a XBB está marcada com um símbolo de cifrão, com a legenda abaixo da tabela explicando: “Mutações adicionais fora da proteína Spike: E:T11A, ORF1a:K47R, ORF1b:G662S, ORF1b:S959P, ORF8:G8*”; A linhagem Pango BA.2.3.20 tem Clado do GISAID: GRA; Clado do Nextstrain: 21L; Relação com linhagens VOC circulantes: Sublinhagem da BA.2; Características genéticas da Spike: Constelação da BA.2 mais S:M153T, S:N164K, S:H245N, S:G257D, S:K444R, S:N450D, S:L452M, S:N460K, S:E484R; Amostras mais antigas documentadas: 15 de Agosto de 2022. Além disto, a BA.2.75 está marcada com um símbolo gráfico de parágrafo, com a legenda abaixo da tabela explicando: “Mutações adicionais fora da proteína Spike: ORF1a:T727I, ORF1a:I1714T, ORF1a:M2169V, ORF1a:T2174I, ORF1a:T2648I, ORF1a:A2909V, ORF1a:Q3922R, ORF1b:T1404M, ORF3a:L140F, ORF9b:D89E”

Lista de muestras clasificadas como “bajo vigilancia” (VUM) por la Organización Mundial de la Salud