Pesquisadores da Rede Genômica Fiocruz criam protocolo para sequenciamento que permite a identificação de algumas alterações-chave no genoma do SARS-CoV-2 a custos menos elevados
Em face da atual pandemia enfrentada pela humanidade, o uso de técnicas de sequenciamento genético de nova geração tem sido uma das principais estratégias para a vigilância epidemiológica do novo coronavírus. O sequenciamento de nova geração tem permitido a rápida identificação de novas variantes do vírus e o agrupamento de amostras em linhagens definidas por características em comum e origem genética compartilhada. Adicionalmente, este tipo de sequenciamento propicia a análise de mutações encontradas para a compreensão de suas consequências para a corrida evolutiva que determina inúmeros aspectos da pandemia. Em contrapartida às possibilidades proporcionadas pelo sequenciamento de nova geração, o custo elevado dos equipamentos e insumos necessários para sua realização, a necessidade de pessoal técnico devidamente treinado inviabilizam que regiões mais afastadas e países com menores possibilidades de investimento em pesquisa consigam manter o uso desta técnica em longo prazo. Especialmente quando há necessidade de importação de insumos como reagentes e kits, o risco de períodos de “blecaute” na vigilância epidemiológica é elevado, o que evidencia a importância do desenvolvimento de alternativas de menor custo e maior facilidade de implementação. Técnicas alternativas com essas características garantem maiores possibilidades de sustentar um monitoramento continuado das amostras que circulam em uma determinada localidade, o que é vital para o desenvolvimento de estratégias de enfrentamento.
A presente publicação — resultado da revisão por pares de um artigo anteriormente publicado como pre-print — apresenta uma alternativa baseada no sequenciamento de Sanger de um único fragmento de PCR (725 pares de base), capaz de detectar as principais mutações na glicoproteína Spike (proteína S) e classificar as amostras como pertencentes às principais variantes circulantes no Brasil. A técnica foi testada em doze amostras positivas, com resultados que permitem ter segurança de que o uso do sequenciamento de Sanger para investigar este fragmento de PCR pode evitar um “blecaute” de monitoramento. Apesar do uso da técnica acarretar em perda de informação quando comparada ao sequenciamento do genoma completo das amostras, ter maneiras confiáveis mais baratas de monitorar as variantes traz uma importante robustez para o monitoramento epidemiológico no Brasil e em outros países com desafios socioeconômicos similares.
Bezerra, M. F., Machado, L. C., De Carvalho, V. D. C. V., Docena, C., Brandão-Filho, S. P., Ayres, C. F. J., … & Wallau, G. L. A Sanger-based approach for scaling up screening of SARS-CoV-2 variants of interest and concern
