Como no podía ser de otra manera, la actual pandemia de COVID-19, trajo consigo una serie de cuestiones relevantes para la investigación y para la propia vigilancia epidemiológica y genómica. Al tratarse de un virus recientemente introducido en la población humana, se desconocía -sobre todo al principio de la pandemia- la capacidad del SARS-CoV-2 de provocar infecciones víricas que duraban meses en algunos pacientes, y mucho menos cuál sería el perfil de salud de estas personas o incluso la duración máxima de estas infecciones prolongadas.
La evolución del virus, potenciada por un escenario de alta contagiosidad y baja inmunidad de la población, condujo a la aparición de variantes no reconocidas eficazmente por la respuesta inmunitaria adquirida durante la infección inicial, y por tanto capaces de provocar reinfecciones. En este complejo escenario, surge una pregunta sencilla: ¿cómo separar los casos de reinfección de aquellos en los que una única cepa viral permanece en el cuerpo de una persona durante meses?
La vigilancia genómica -uno de los pilares de la Red Genómica de Fiocruz- es capaz de dar respuestas en casos como éste, ya que hay muestras del paciente en ambos momentos de la infección. Cuando se comparan las muestras del periodo inicial de aparición de los síntomas con las de la sospecha de reinfección (después de algunas semanas o meses, con o sin la aparición de nuevos síntomas), es posible identificar si el virus del primer momento es genéticamente diferente del recogido en el segundo momento.
Si ambas muestras son genéticamente muy similares, la probabilidad de reinfección suele descartarse. Si son diferentes -por ejemplo, pertenecientes a linajes distintos- se puede confirmar que el caso es en realidad una reinfección.
La Red Genómica de Fiocruz cuenta con algunas publicaciones científicas que permiten una mayor comprensión de la reinfección, sus mecanismos y el reporte de algunos casos:
