Ferramenta de bioinformática desenvolvida por pesquisadores da Rede Genômica permite detecção de infecção simultânea por duas ou mais variantes do SARS-CoV-2
Com o espalhamento de diferentes variantes do novo coronavírus — vírus pertencentes à mesma espécie, mas com genéticas diferentes por terem histórias evolutivas distintas — é possível que numa mesma região estejam circulando duas ou mais destas variantes ao mesmo tempo. Pessoas nessas localidades podem estar expostas e, em alguns casos, simultaneamente infectadas por linhagens diferentes do vírus causador da COVID-19.
A detecção deste tipo de caso é dificultada pelo fato de que necessita de uma análise detalhada das sequências genômicas obtidas pelo processo de sequenciamento. Isto significa um aprofundamento no que chamam de “dados brutos”, que conterão informações sobre possíveis diferenças de sequências do genoma. A análise dos dados brutos aponta se há uma diversidade de genomas na amostra sequenciada compatível com a presença de duas variantes distintas, ao invés de uma variante única. O artigo resumido aqui testou um método de avaliação destas diferenças dentro de uma única amostra, chamada aqui de “diversidade intra-hospedeiro”, para tentar detectar possíveis eventos de coinfecção em um conjunto de dados referente a 1462 amostras clínicas positivas para presença do SARS-CoV-2. O método testado é parte da plataforma de ferramentas bioinformáticas ViralFlow, desenvolvida por um aluno de doutorado do Instituto Aggeu Magalhães, em colaboração com outros pesquisadores do Instituto, membros da Rede Genômica Fiocruz.
Neste grande conjunto de dados, nove casos suspeitos de coinfecção foram encontrados. O artigo discute ainda algumas das características das amostras que permitem uma maior confiança na possibilidade de coinfecções, além de ter cruzado os dados das nove amostras suspeitas com informações sobre a circulação de variantes compatíveis na localidade e época de origem das amostras. Em todos os nove casos, era plausível que os pacientes tivessem sido expostos aos dois perfis de vírus. O artigo conclui que eventos de coinfecção são raros, mas de relevância para a vigilância epidemiológica por representarem uma janela de oportunidade para o surgimento de recombinantes — fruto de uma combinação entre os genomas de duas variantes diferentes — além de poder identificar variantes de preocupação que possam estar circulando em baixa frequência.
Dezordi, F. Z., Resende, P. C., Naveca, F. G., do Nascimento, V. A., de Souza, V. C., Dias Paixão, A. C., Appolinario, L., Lopes, R. S., da Fonseca Mendonça, A. C., Barreto da Rocha, A. S., Martins Venas, T. M., Pereira, E. C., Paiva, M., Docena, C., Bezerra, M. F., Machado, L. C., Salvato, R. S., Gregianini, T. S., Martins, L. G., Pereira, F. M., … Wallau, G. L. (2022). Unusual SARS-CoV-2 intrahost diversity reveals lineage superinfection. Microbial genomics, 8(3), 10.1099/mgen.0.000751.
